生化学反応ネットワークの可視化

第4回LODハッカソン関西で,BioModels SPARQL Endpoint (http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biomodels/sparql) から取得した生化学反応をSgvizlerで可視化しました(資料はこちら).

ダブルクリックでズームイン,Shift+ダブルクリックでズームアウトできます.


反応(sbmlrdf:Reactionクラス)のデータモデル

http://www.ebi.ac.uk/rdf/documentation/biomodelsより)

SPARQLクエリ

PREFIX sbmlrdf: <http://identifiers.org/biomodels.vocabulary#>
 
SELECT DISTINCT ?reactant_name ?product_name WHERE {
 ?focus_sp sbmlrdf:reaction ?reaction. 
    # この?focus_spを特定の大腸菌等のURIに変えれば,
    # その大腸菌内部に限った反応ネットワークを可視化できます
 ?reaction sbmlrdf:reactant/sbmlrdf:species/sbmlrdf:name ?reactant_name.
 ?reaction sbmlrdf:product/sbmlrdf:species/sbmlrdf:name ?product_name.
 FILTER (?product_name != ?reactant_name)
} LIMIT 1000